本文是一篇临床医学论文，本研究通过生物信息学分析了SASS6在LUAD肿瘤组织中的表达情况，提示了SASS6在LUAD组织中的表达高于正常组织。
第2章方法
2.1运用TCGA数据库分析SASS6在LUAD肿瘤组织中的表达
TCGA数据库是由美国国立癌症研究院以及国立人类基因组研究院推出的一个包含所有癌症基因组变化相关的图谱[25]。该项目利用大规模测序技术的基因组分析技术，完成了一整套与所有癌症基因组变化相关的图谱，从而帮助人们从基因组角度了解肿瘤的分子机制，提高诊断和治疗肿瘤的能力。
TIMER2.0（http://timer.cistrome.org/）是一个常用的生物信息学分析的网站，这个网站可以为需要进行生物信息学分析的肿瘤谱提供的免疫浸润水平分析功能，而且这个网站可以使我们能够同时识别出来多种癌症类型的重要关系和联系。同时这个生物信息学的网站也为我们提供了关于肿瘤免疫浸润细胞的一个可以全面分析并且可以实施可视化的功能[26-28]。
为了获取TCGA数据库中不同肿瘤或特定肿瘤亚型及邻近正常组织中的SASS6基因表达数据，我们使用TIMER2.0在线工具（http://timer.comp-genomics.org/），在“Gene_DE”模块中输入SASS6[26]。从加州大学圣克鲁兹分校网站（UCSCXENA；https://xena.ucsc.edu/）下载基于TCGA数据库和基因型－组织表达（Genotype-Tissue Expression，GTEx）数据库的所有癌症的每百万读数TPM格式的RNA-seq数据[29]。我们对TPM格式的RNA-seq数据进行log2转换后的分析和比较。并使用R软件（version 3.6.3）的“ggplot”程序包进行可视化。采用非配对样本t检验比较正常和肿瘤组中SASS6的表达水平。我们分析比较了SASS6在正常肺组织和LUAD肿瘤组织中的差异表达水平。p值<0.05被认为具有统计显著性。
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2.2运用UALCAN分析工具分析SASS6的RNA表达水平、蛋白表达水平、启动子甲基化水平与LUAD病理分期的关系
UALCAN分析工具（http://ualcan.path.uab.edu/analysis prot.html）是一个交互式网络资源数据库，用于分析癌症组学数据，能够比较肿瘤和健康样本之间以及不同肿瘤阶段之间的基因表达、蛋白表达和启动子甲基化表达水平[30,31]。将基因名称SASS6输入UALCAN网站的“TCGA”模块，分析并比较LUAD与正常肺组织之间SASS6的RNA表达水平和启动子甲基化水平。将基因名称SASS6输入UALCAN网站的“CPTAC”模块，分析和比较LUAD和正常肺组织中SASS6总蛋白的表达水平。通过UALCAN分析工具分析了SASS6的RNA表达水平、蛋白表达水平、启动子甲基化水平与LUAD病理分期的关系。
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第3章结果
3.1肿瘤组织和正常组织中SASS6的表达水平
为了明确SASS6在癌症间的表达水平。在TIMER2.0工具数据中，33组数据（ACC、BLCA、BRCA、CESC、CHOL、COAD、DLBC、ESCA、GBM、HNSC、KICH、KIRC、KIPP、LAML、LGG、LIHC、LUAD、LUSC、MESO、OV、PAAD、PCPG、PRAD、READ、SARC、SKCM、STAD、TGCT、THCA、THYM、UCEC、UCS、UVM）中有21组（BLCA、CESC、CHOL、COAD、ESCA、GBM、HNSC、KICH、KIRC、KIPP、LIHC、LUAD、LUSC、PAAD、PCPG、PRAD、READ、SKCM、STAD、THCA、UCEC）具有肿瘤组织和相邻正常组织数据。比较肿瘤组织与相邻正常组织中SASS6的表达，其中有15组数据（BLCA、CESC、CHOL、COAD、ESCA、GBM、HNSC、KIRC、LIHC、LUAD、LUSC、PRAD、READ、STAD、UCEC）肿瘤组织比其相邻正常组织SASS6的表达升高（P<0.05），有2组数据（KICH、THCA）肿瘤组织比其相邻正常组织SASS6的表达降低（P<0.05）。由于没有相邻正常组织对照，有12组SASS6表达水平数据（ACC、DLBC、LAML、LGG、MESO、OV、SARC、SKCM、TGCT、THYM、UCS、UVM）仅在肿瘤组织中显示（图1A）。接下来，结合TCGA和GTEx数据，比较SASS6在泛癌组织和正常组织中的表达情况。合并数据后发现，33组肿瘤组织数据中仍有2组数据（MESO、UVM）没有正常组织可供比较。通过比较剩下的31组肿瘤组织与正常组织中SASS6的表达，发现在27组肿瘤组织数据中SASS6的表达是与其相邻正常组织不同的。其中有22组数据（BLCA、BRCA、CESC、CHOL、COAD、DLBC、ESCA、GBM、HNSC、KIRC、LGG、LIHC、LUAD、LUSC、OV、PAAD、READ、SKCM、STAD、THYM、UCEC、UCS）肿瘤组织比其相邻正常组织SASS6的表达升高（P<0.05），有5组数据（ACC、KICH、LAML、TGCT、THCA）肿瘤组织比其相邻正常组织SASS6的表达降低（P<0.05，图1B）。SASS6在LUAD中的表达高于正常组织（P<0.05，图1C,1D）。
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3.2 SASS6的RNA表达水平、蛋白表达水平、启动子甲基化水平与LUAD病理分期的关系
利用UALCAN网站分析比较SASS6在LUAD和正常肺组织中的RNA表达、蛋白表达和启动子甲基化表达水平，并比较其在不同病理分期的表达水平。结果发现，在LUAD中SASS6的RNA表达水平和蛋白表达水平升高（P<0.05，图2A,2C），而SASS6启动子的启动子甲基化水平降低（P<0.05，图2E）。SASS6在不同病理分期的RNA表达、蛋白表达及启动子甲基化表达结果见图2（图2B、2D、2F）。
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图2.LUAD中SASS6的mR NA表达、蛋白表达及启动子甲基化水平。（A）在来自UALCAN网站的“TCGA”数据集中，LUAD及邻近癌旁组织中SASS6的mRNA表达水平。（B）不同病理阶段SASS6的mRNA表达水平。（C）在来自UALCAN网站的“CTPAC”数据集中，LUAD和正常肺组织中SASS6的蛋白表达水平。（D）不同病理阶段中SASS6的蛋白表达水平。（E）在来自UALCAN网站的“TCGA”数据集中，LUAD和正常肺组织中SASS6的启动子甲基化水平。（F）不同病理阶段的SASS6启动子甲基化水平。
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第3章 结果......................................... 7
3.1 肿瘤组织和正常组织中SASS6 的表达水平 ....................... 7
3.2 SASS6 的 RNA 表达水平、蛋白表达水平、启动子甲基化水平与 LUAD病理分期的关系 ................... 9
3.3 SASS6 在肺腺癌组织和正常肺组织中的生存预后分析 ............ 11
第4章 讨论.......................... 20
第5章 结论................................... 22
第4章讨论
SASS6在中心体组装中起着重要作用，已有研究发现，SASS6基因过表达会导致中心体过度增殖[19,47-49]。中心体的异常扩张可能导致CIN和肿瘤的发生[50,51]。关于SASS6与LUAD之间联系的研究尚缺乏。因此，我们从基因表达、生存预后、启动子甲基化、基因突变、免疫浸润细胞和免疫调节相关基因表达等方面，从TCGA数据库中对LUAD中的SASS6基因进行了全面的检测和分析。
CIN是人类各种癌症中基因组不稳定的主要形式之一，被认为是肿瘤发生和异质性的共同标记[52]。已有研究表明，SASS6基因过表达导致CIN[53-55]。SASS6在多种肿瘤中表达升高。Shinmura等人研究表明，SASS6表达上调参与了结直肠癌的发病机制，SASS6过表达诱导结肠细胞中中心体扩张、有丝分裂异常和CIN[22]。杜等人的一项研究，发现在三阴性乳腺癌肿瘤组织中，SASS6蛋白表达上调[24]。在本研究中，我们发现在LUAD中SASS6蛋白表达上调。有研究显示，在许多肿瘤中，启动子甲基化对于调控癌基因的表达至关重要[56]。同时我们还发现，在LUAD中SASS6启动子甲基化水平降低，由此可以推测，SASS6的高表达可能与SASS6启动子甲基化有关。
生存分析是评估癌症预后的关键分析指标。我们发现SASS6表达升高是LUAD中OS的一个危险因素。有研究表明，SASS6在结肠癌中的表达上调被证明是生存率差的独立预测因子[22]。食管鳞状细胞癌SASS6高表达组的3年生存率低于SASS6低表达组，SASS6蛋白高表达是食管鳞状细胞癌预后不良的因素[57]。基因突变与肿瘤患者预后相关[58]。在本研究中，我们发现SASS6突变组的预后（包括OS和DFS）明显差于未改变组，所以提示SASS6突变可能导致LUAD预后不良。
临床医学论文参考
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第5章结论
我们对SASS6与LUAD的相关性进行了生物信息学分析，包括RNA和蛋白表达、生存预后、基因突变、启动子甲基化、SASS6相关基因富集分析、免疫细胞浸润和免疫调节相关基因表达等，得出以下相关结论。
（1）SASS6在LUAD组织中的表达高于正常组织，这种表达升高可能与LUAD中SASS6甲基化水平降低有关。
（2）SASS6高表达的LUAD患者预后较差，而且具有SASS6基因突变的LUAD患者预后也较差。
（3）在大多数LUAD中，SASS6的表达水平与肿瘤免疫浸润细胞呈负相关，尤其是DC细胞和CD8+T细胞。因此，SASS6是LUAD预后不良的危险因素，而这种预后不良可能与LUAD中SASS6的突变及其对肿瘤特异性免疫细胞浸润和迁移的抑制有关。
参考文献（略）