第一章文献综述
近年来，林小植等在测定野生三角妨幼鱼的化学组成时表明，可借助含水量与体长来预测野生三角妨生化成分与能量密度。刘新铁等在分析三角鮮肌肉营养组成后显示，三角筋的营养价值与必须氣基酸的量及风味均高于或优于团头鲂。童富淡和刘红云、陆清儿等采用实时突光定量技术在三角筋肝脏中克隆了基因，在几种鱼中进行同源性分析表明，同源性最高的是团头鮮。李思发等在团头妨、三角妨及广东纺的亲缘关系研究中指出，三角筋与团头妨亲缘关系较近。而谢楠等研究指出三角鲂和厚颂鲂的聚类关系不太明确。赖瑞芳等实验证明三角鲂与厚颂妨的亲缘关系最近，关系较近的是团头妨。张倩倩等选用18对高多态性的微卫星引物构建了包括三角妨在内的6种鱼类群体的指纹图，为我国鳊鲂鱼类的资源保护、种群鉴定及良种选育工作提供了科技支撑。与此同时，两位学者还釆用了遗传连锁图谱、物理图谱及转录组图谱对基因组作图，分析了核苷酸序列的变化特征开创了功能基因组学新纪元。由此可见，转录组学是功能基因组学的重要组成之一。由转录组延伸而出的转录组学，是一门在整体水平上研究基因转录特征及转录调控规律的学科。
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第二章三角鲂cDNA文库构建与测序
1. 材料与方法
鱼类的生长还与充足的营养供给以及相应的激素调节有关。在众多影响生长的因素中，下丘脑垂体靴器官、相应激素及其受体的调控作用是关键。下丘脑分泌生长激素释放激素和生长抑素调节垂体中生长激素的合成与分泌，生长激素可直接刺激紀组织生长，还可以刺激器官，如肝脏合成和释放的进入循环系统，当到达组织，促进紀组织生长.目前，三角筋的生长调控轴中仅见肝脏中基因的克隆与序列分析的报道童富淡和刘继红，本实验室按照测序仪200bp读长的转录组测序指南，以钱塘江三角鲂原种代为研究对象，构建了生长较快和生长较慢的两个的文库；利用本实验室的测序仪测序，以期获得大量三角妨生长相关的转录组数据，幵发生长相关的微卫星标记，为三角筋后期选育个体大、生长快的育种工作奠定基础。
2. 结果
出现覆盖率偏低的原因可能有4点：（1）芯片中加入模板阳性时，要求将芯片倾斜45但人为操作过程中无法精确衡量；（2）在芯片中加入模板阳性ISPs时，建议调节吸移管管理器轻柔缓慢的将ISPs放下，最佳下放速度约1ul/sec人为操作过程中亦难以控制；（3）在芯片中加入模板阳性ISPs时，要求第一次将30ul样品均勾流入所用芯片的所有微孔中，实验过程中，芯片上大端口相对的端口附近难以均勾覆盖到模板阳性的ISPs，除此以外，还要求实验人员操作机能娴熟，对每个关键点了如指掌，在每个关键点尽可能的减少实验误差。
第三章基于Ion Torrent测序平台的三角鲂转录组分析.........25
1. 材料与方法...............25
2.结果.......26
3. 分析与讨论..........40
第四章团头鲂微卫星标记在三角鲂中跨种扩增及三角鲂转录组微卫星标记筛选............43
1.材料与方法........43
2. 结果...........48
3. 分析与讨论......49
第五章三角鲂四个野生群体通传多样性的微卫星分析.......52
1.材料与方法..........52
2.结果.......54
3. 分析与讨论.........59
第五章三角鲂四个野生群体通传多样性的微卫星分析
1.材料与方法
野生三角妨随着水质恶化、环境破坏、酷渔滥捕等因素的影响，呈现一定的衰退。徐薇，甚至部分水体已绝迹，马旭洲因此，选育三角妨的良种工作迫在眉睫，选育出三角鲂的良种可减少依赖三角筋的野生资源，并能有效控制与避免三角妨的种质衰退。而合理育种方案的制定必须以三角鲂种质资源评估为前提，正确评价三角妨的种质资源则需了解和掌握三角妨野生资源的遗传多样性和遗传结构。鱼类群体遗传多样性的研究中，微卫星分子标记因其共显性和多态性等优点得到了广泛应用，陈金平等刘丽等傅建军等。本文利用14个微卫星位点分析了黑龙江、钱塘江、北江及金沙河水库三角妨遗传结构及种群遗传多样性，以期丰富三角妨种质资源的研究内容，为本课题组三角妨良种选育工作奠定基础。
2.结果
本研究结果显示三角鲂4个群体内的系统发生和各群体的地理分布不相关，这与董秋芬等对石斑鱼的研究结果相类似。蒋鹏等在研究青海湖裸鲤时也得出同样结果，青海湖裸鲤在地理分布上的聚类结果与聚类分析中的聚类树不一致。该结果表明三角鲂群体遗传结构的改变受到地理分布的影响较小，而更多的可能是受到生境改变及瓶颈效应的影响。在三角鲂4个野生群体中出现了杂合子缺失及杂合子过剩并存的现象。13个微卫星位点在三角妨4个群体中均可以获得稳定清晰的扩增条带，因此推断出现杂合子缺失奪与过剩的原因在于种群自身。这可能是长期的捕捞压力影响了三角妨的种群结构与雌雄性比，也可能是养殖群体逃逸至自然水体所致，具体原因还需进一步研究。
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小结
利用跨种扩增方法，在本实验室开发的团头妨30个多态性微卫星位点中蹄选出11个多态位点可在三角妨中稳定扩增。利用三角妨转录组序列开发出2个可以在三角妨中稳定扩增的多态位点。13个微卫星位点对三角妨4个野生群体进行遗传多样性分析显示，三角鲂4个野生群体遗传多样性均较高，基于固定指数的遗传分化研究指出在北江群体与钱塘江群体、北江群体与金沙河群体存在中等程度的遗传分化。聚类显示钱塘江群体和黑龙江群体聚为一类，再与金沙河水库群体聚为一类，最后与北江群体聚为一类，三角妨4个群体的系统发生与地理距离不相关。分子方差显示，三角妨大部分的差异来自于个体间而非群体间或群体内。
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参考文献（略）