医学开题报告基本框架怎么写[模板范例]

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论文字数:1861 论文编号:sb2022072719180449155 日期:2022-08-03 来源:硕博论文网
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开题报告基本框架
开题报告基本框架
1.选题的目的和意义
选题目的:根据既往监测数据显示,埃可病毒11型(Echo 11)和9型(Echo 9)曾于同一时间在同一国家或地区流行,但最终的流行规模存在差异:Echo 11的流行规模较大,而Echo 9则相对较小,该差异的原因有待研究。因此,1)本研究拟比较Echo 11和Echo 9的流行病学特征与系统进化特征,通过分析三间分布、基因序列重组与变异、病毒种群演变过程等特征,比较两者的流行与传播规律。2)Echo 11和Echo 9均属于非优势血清型肠道病毒,与优势型相比(EV-A71、CV-A6、CV-A10、CV-A16),其基因序列分离较少,流行趋势和路径相对清晰,因此可以建立、验证生物信息学分析策略与流程,进而为研究此类非优势血清型肠道病毒提供更多的科学证据。
选题意义:Echo 11致病谱广泛,可以引起发热、出疹等症状,也可以引起手足口病、肠道病毒性葡萄膜炎和神经系统疾病,特别是感染新生儿和婴幼儿造成致死性疾病,已引起国内外的广泛关注。美国、加拿大、日本等国均有报道Echo 9引起儿童夏季无菌性脑炎,在国内也有文献报道Echo 9引起儿童手足口病或病毒性脑炎的发生。国内外既往研究表明,成人和儿童体内均能检测出Echo 11和Echo 9病毒,且不断确认新的基因型别;曾有研究发现,不同的基因型可能会导致不同的疾病。国内相关的研究较少,因此通过本研究,拟了解全球Echo 11和Echo 9的流行病学分布与系统进化特征,比较分析流行规模的差异,为研究非优势血清型肠道病毒提供科学证据。
2.国内外相关研究状况综述(列出相应的参考文献)
1)埃可病毒11型多个基因型在中国大陆的循环及肠道病毒的实验室生物安全研究:1994-2017年度中国大陆分离得到的200株Echo 11毒株可以被划分到A1-A3、B、C1、C3、D5、E基因型,存在多个基因型的循环,其中A1-A3为中国大陆本土流行株,暂未见其他国家报道。分子流行病学分析显示,以1999年和2008年为时间节点,中国大陆流行的Echo 11基因型别可能发生了较为明显的转变,由D4基因亚型转变为D5基因亚型的持续性流行,1998-2014年期间D5基因亚型是国外分离株的绝对优势基因型。
2)Multiple genotypes of Echovirus 11 circulated in mainland China between 1994 and 2017:全球范围内传播的Echo 11毒株重新分类为6种基因型,分别为A、B、C、D、E和F基因型,新划分了F基因型,A和C基因型进一步分为A1-5和C1-4基因亚型。Echo 11基因型和基因亚型在急性迟缓性麻痹和手足口病病例中显示存在显著性差异,提示不同的基因型可能会导致不同的疾病。
3)昆明地区无菌性脑膜炎埃可病毒9型的分子流行病学研究:Echo 9病毒株存在明显的地域分布性,且在同一地区也存在差异,表明可能存在不同的传播途径。
医学论文开题报告
医学论文开题报告
3. 主要研究内容与基本思路,详细技术路线,并分析可行性、难点和创新点
研究内容:分析Echo 11和Echo 9的流行病学三间分布,探索基于病毒基因序列的变异与重组情况、病毒种群的演变过程,比较两种病毒的流行分布与时空传播特征。
基本思路:
1)收集Echo 11和Echo 9核苷酸序列,分析序列分离的时间、地区,并进行比较;
2)分析不同地区/时间分离序列的同源性,识别可能的主要变异位点与重组模式;
3)构建系统进化树,观察分离序列的聚集情况;
4)根据贝叶斯方法,构建Echo 11和Echo 9的病毒种群演变过程,并结合流行病学分布特征推断其时间与空间的传播特征。
技术路线: 
1)建立检索式,从GenBank数据库批量下载Echo 11和Echo 9全基因组序列和VP1序列,利用Python抓取序列分离的相关信息,比较三间分布特征;
2)运用MEGA软件分析序列的同源性,比对主要的变异位点;
3)运用RDP3和SIMPLOT软件进行重组分析;
4)运用MAFFT软件比对序列,IQTREE软件构建最大似然法进化树,观察树的拓扑结构;
5)运用TempEst软件检验分离序列的时间信号,验证与“分子钟”理论的符合程度;
6)运用BEAST软件包构建Bayesian Skyline Plot,分析病毒种群随时间的演变过程,并探索不同地区的传播时序。
可行性、难点和创新点:本研究参考大量文献,建立Echo 11和Echo 9的VP1序列库和全基因组序列库,使用经过验证的生物信息学软件综合分析两种病毒的变异、重组、病毒种群演化特征,因此可行性较高。难点在于两种病毒的分离序列超过1000条,前期序列整理工作量较大,且在分析过程中需按照两种病毒的特征适当调整分析策略与流程。创新点在于Echo 11和Echo 9属于非优势血清型肠道病毒,既往研究较少;更缺乏从全球层面,将传统的流行病学分布与基于系统进化获得的时间空间传播相结合的研究,因此通过本研究可增加对此领域研究的关注。
4. 预期成果
1)了解Echo 11与Echo 9的流行病学分布特征,及基于分离序列的系统进化特征;
2)学习分子流行病学和生物信息学的分析方法;
参考文献:
[1]李婕. 埃可病毒11型多个基因型在中国大陆的循环及肠道病毒的实验室生物安全研究[D].中国疾病预防控制中心,2019.
[2]Li Jie, Yan Dongmei, Chen Li, et al. Multiple genotypes of Echovirus 11 circulated in mainland China between 1994 and 2017[J]. Scientific Reports, 2019, 9(1).
[3]周曦. 昆明地区无菌性脑膜炎埃可病毒9型的分子流行病学研究[D].昆明医科大学,2012.
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